为了将传播疾病的风险降到最低，注射器应该只使用一次，然后对其进行消毒，以防止微生物或疾病在患者之间传播。只能把注射器插进一小瓶药里，再插进人或动物体内，然后分解消毒。尽管在无法使用适当设备的情况下，仍有许多化学品可用于对注射器进行消毒，但对注射器进行消毒的最佳方法是将其暴露在高温下。
对注射器进行消毒的最好方法是使用一种叫做高压灭菌器的机器，这种机器通常用于医院和实验室对许多不同类型的设备进行消毒。您可以将未使用的玻璃注射器放入这些机器中，并将其加热至248F(120C ),持续15至20分钟。塑料注射器在这种高温下可能会被损坏，并且通常被设计成在使用一次后就被丢弃。用于注射的针头可以在这些机器中消毒或重复使用。没有自己高压灭菌器的小医生办公室或诊所通常会将受污染的注射器送去进行适当的消毒和处理。
高压釜中的温度明显高于沸水。即便如此，煮沸的玻璃注射器也是一种对注射器进行灭菌的方法。这种方法不如用高压灭菌器有效，而且会传播疾病，因为不一定能杀死所有的孢子。这种方法只能在紧急情况下使用。水中应加入少量酚醇，以提高杀菌效果。水煮沸后，玻璃注射器应放置15至20分钟。
通常，塑料注射器被设计成在使用一次后丢弃。然而，仍然存在人们需要重复使用注射器的情况。在这种情况下，注射器消毒的最佳技术包括用水和漂白剂清洗注射器。
为了用水和漂白剂对注射器进行消毒，应在注射器中间注入一半的混合物，并用力摇晃，然后将液体喷出。这个过程要反复进行，直到注射器里找不到血或药，再用纯水冲洗多次。这不会消除所有的病毒、细菌或其他污染物，只能在没有无菌注射器的紧急情况下进行。
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