手术将去除疣，但由于他们无法治愈导致疣的病毒，即人类乳头瘤病毒(人乳头瘤病毒)，疣会复发。疣可以通过电外科刮除术或激光手术去除。大多数情况下，手术除疣都是在门诊进行的，只需要局部麻醉。
医生通常会建议他们认为最不可能造成疤痕的疣去除类型。比如脚疣长在脚底。当它们成簇生长时，被称为马赛克疣。使用外科手术的方法，去除疣会导致严重的疤痕形成。因此，医生建议只有在非手术除疣方法失败后，才进行手术。
在电外科和刮宫过程中，你的医生会在疣上扎一根针。在一个叫做电去离子的过程中，疣组织被流过针的电流灼伤。然后用刮匙(类似勺子的工具，边缘锋利)刮掉残留的坏死组织。手术后，该区域必须保持清洁和干燥。
电刮术是去除疣的有效方法，只需30分钟左右即可完成。与激光手术相比，这种手术相对便宜。电外科和刮除术最常见的副作用是疤痕形成。其他可能的副作用包括神经损伤、恢复缓慢和感染风险。
在激光手术中，医生使用高强度光束通过手术去除疣。在这一操作中使用了两种激光器：脉冲染料激光器和二氧化碳激光器。脉冲染料激光攻击疣的血管，使其饿死并脱落。成功去除疣通常需要用脉冲染料激光反复治疗。激光就像手术刀去除疣，只需要一次治疗。
对于顽固疣或大面积分散的多发性疣，激光手术是去除手术疣的最佳方法。不仅对寻常疣、跖疣有效，还能去除生殖器疣。但是激光手术费用昂贵，恢复时间可能长达五周。激光手术的另一个缺点是，它可以抵消人体对患处疣建立的任何免疫力，使疣更容易再生。
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